Plzeň, jako důležité centrum již od počátku svého vzniku, se nemohla obejít bez mlýnů. V plzeňských listinách se první mlynář objevuje v roce 1395. V pořadí čtvrtým mlýnem, a to na řece Mži, o kterém je v listinách zmínka v roce 1409, byl mlýn „Horní“ – předchůdce dnešního Kalikovského mlýna, který vybudovala rodina Kalikova, a ačkoliv se majitelé ještě mnohokrát změnili, jméno „Kalikovský“ si mlýn udržel až dodnes.
Snad nejtěžší období své historie zažil Kalikovský mlýn v roce 1883, kdy celou budovu zachvátil mohutný požár a zcela ji zničil. Na spáleništi zbyly pouze ohořelé obvodové zdi. Roku 1886 koupil celý objekt Hermann Kussi se synem a vše zrekonstruoval a zmodernizoval. V dalších letech byly přistavovány další části až do dnešní podoby. Kalikovský mlýn plnil svou funkci až do roku 2003, kdy už ovšem sloužil pouze jako sklad mouky.
